凯西·伯曼（斯科特·阿金斯 饰）曾是最顶尖的忍者战士，如今他选择退隐，与怀孕的妻子奈美子共筑温馨家庭。然而，一个雨夜，奈美子在家中被神秘势力掳走，现场只留下一枚黑色手里剑和诡异的暗影残痕。凯西循着线索重返地下世界，发现劫持者竟是昔日军团“暗影之刃”的残党。该组织由他的前师兄弟雷藏领导，雷藏因嫉妒凯西的天赋而叛变，如今企图利用奈美子体内尚未出生的孩子——传说中拥有“影之血脉”的继承者，来完成一项禁忌仪式，召唤远古暗影之力。凯西一路追踪，从东京霓虹街巷杀到废弃的忍者古堡，遭遇数波致命刺客与机关陷阱。在战斗中，他逐渐揭开自己曾被抹去的记忆：原来当年师父之死并非意外，而是雷藏精心策划的阴谋。凯西在愤怒与理智间挣扎，最终领悟真正的忍者之道并非杀戮，而是守护。最终对决中，凯西以自创的“破影斩”击碎雷藏的暗影傀儡，救出奈美子。但仪式已半成，暗影之力反噬雷藏，将其吞没。凯西与奈美子相拥于晨曦中，新生命即将降临，而暗影的传说并未终结，只是换了一种方式延续。