官子萱的父亲在考察大鲵时神秘失踪，留下未解谜团。多年后，她发现一种短头鲵发生异常变异，并逃入深海，疑似与父亲失踪有关。为查明真相，她毅然登上荒岛，潜入暗黑海域。在深潜过程中，官子萱遭遇巨型变异短头鲵的猛烈攻击，随行队员接连遇难。她与一位神秘幸存者结盟，却发现对方竟与父亲的失踪有着千丝万缕的联系。变异生物不断进化，岛上设施逐渐失控，两人必须在氧气耗尽前找到逃生路线。随着调查深入，官子萱发现父亲曾试图阻止一场基因实验，而变异短头鲵正是实验产物。面对巨兽的追杀与阴谋的层层揭开，她必须在亲情与生存之间做出抉择。最终，她利用父亲的笔记引爆水下基地，与变异生物同归于尽，却在最后一刻发现父亲还活着，而更大的深海危机才刚刚开始。