第二季紧接第一季结尾，艾娃在与地狱势力的初次交锋后，开始尝试控制体内圣器的力量，却发现自己无法完全驾驭它，时常被圣器中的天使意志所干扰。与此同时，修女战士组织内部出现分裂，部分成员质疑艾娃的资格，而她最信任的盟友也因立场不同渐生嫌隙。为了寻找控制圣器的方法，艾娃与同伴深入欧洲古老遗迹，意外发现了关于自己身世的惊人秘密——她的重生并非偶然，而是千年前一场天使与恶魔契约的遗留产物。这个真相让她陷入信仰与自我认同的挣扎，也让天堂方面派出特使试图强行收回圣器。另一方面，地狱势力在神秘领袖的指挥下发动全面进攻，目标直指艾娃体内的圣器。在接连的背叛与战斗后，艾娃必须做出抉择：是接受作为武器的命运，还是打破规则，走出一条属于自己的道路。第二季以一场震撼的圣城攻防战收尾，为第三季埋下重大伏笔。