《世纪末超自然学院》是一部以1999年长野县松代皆神山为舞台的原创动画。故事围绕一所因频繁发生超自然现象而被称为“超自然学院”的私立学校展开。校长去世后，其女儿神代玛雅继任，她极度厌恶超自然事物，却不得不面对学院中接连不断的怪异事件。与此同时，来自2012年的少年内田文明穿越时空出现在她面前，声称未来世界正面临毁灭危机，而解决关键就藏在这所学院与皆神山中。作品将时间穿越、都市传说、末日预言与校园生活巧妙融合，通过玛雅与文明的合作与冲突，逐步揭开隐藏在1999年与2012年之间的因果链条。动画以独特的幽默感和悬疑节奏，探讨了科学、信仰与命运的主题，是世纪末氛围下兼具娱乐性与深度的科幻冒险故事。