《问题儿童都来自异世界?》讲述三位个性迥异的少年少女——自称“废柴”的逆回十六夜、热爱动物的春日部耀、高傲大小姐久远飞鸟，在某个晴朗日子里同时收到一封神秘邀请函。他们被传送到名为“箱庭”的异世界，这里由自称“黑兔”的兔耳少女接待，并被告知必须参加名为“恩赐游戏”的竞技活动。箱庭世界汇聚了来自不同神话和历史的英雄、神魔与怪物，他们通过恩赐游戏争夺荣耀与力量。三位问题儿童各自拥有特殊能力：十六夜拥有强大的身体能力和推理头脑，耀能通过与动物交流获得力量，飞鸟则具备操控物体的异能。他们被卷入一场由黑兔策划的宏大计划中，目的是对抗企图毁灭箱庭的魔王势力。随着剧情推进，三人逐渐发现箱庭背后隐藏的真相——这里曾是神明与人类共同创造的神话世界，而他们的到来并非偶然。面对强大的敌人和残酷的游戏规则，他们必须联手合作，运用智慧与勇气突破重重难关，保护箱庭的和平，同时揭开自己与这个世界命运相连的惊人秘密。