故事发生在“闇之书事件”落幕十年后，高町奈叶、菲特·T·哈洛温和八神疾风已成长为时空管理局的核心战力。奈叶以王牌教官身份负责培养新人，组建了由昴·中岛、蒂安娜·兰斯特等六名年轻魔导师组成的“StrikerS”小队。然而，平静的表面下暗流涌动，一个名为“拓发者”的未知势力开始活跃，他们利用古代遗产“圣遗晶石”策划巨大阴谋，并试图复活失控的兵器“机动六课”。随着调查深入，奈叶等人发现敌人竟与疾风的旧识——神秘少年尤诺·斯克莱亚的过去有关，而新人队员中也隐藏着被改造的“人造魔导师”秘密。一场关乎世界命运的战斗爆发，奈叶在激战中身负重伤，但凭借与伙伴们坚定不移的羁绊，她与菲特、疾风联手，带领新人突破重重险阻，最终揭露了幕后黑手——被野心吞噬的科学家斯卡利艾迪的真相。本作在延续激烈魔法战斗的同时，更聚焦于成长、传承与守护的意义，展现了从少女到成熟战士的蜕变，以及跨越十年的深厚友情如何成为战胜一切的力量。