《只有神知道的世界 女神篇》承接前两季剧情，游戏攻略高手桂木桂马在协助恶魔少女艾露西捕获驱魂后，发现事态升级：远古女神正寄宿于他曾经攻略过的六位少女体内，而她们随时可能因驱魂觉醒而丧命。为了拯救她们，桂马必须打破“攻略后即遗忘”的原则，重新接近并让她们真心爱上自己，从而引出女神。本季故事围绕“选择与牺牲”展开，桂马在攻略过程中面临前所未有的心理挣扎——他既要维持“攻略之神”的冷静，又不得不直面少女们的真实情感。随着剧情推进，地狱使者“菲欧蕾”的介入让局面更加危急，桂马必须在有限时间内完成所有攻略，否则女神将永远消失。最终，他做出惊人决断，以自我为代价换取众人平安，揭示了“神”背后的孤独与责任。动画制作精良，情感爆发点密集，尤其是桂马在“真实之泪”场景中的表现，被粉丝誉为系列最经典片段。主题曲《God only knows》第三乐章更是将悲壮与希望融为一体，为女神篇画上完美句点。