《只有神知道的世界Ⅱ》紧接第一季剧情，讲述被称为“攻略之神”的高中生桂木桂马，在现实中被迫继续执行驱魂任务。他利用自己在恋爱游戏中的丰富经验，将现实中的女孩们视为攻略对象，通过精准的“攻略步骤”来填补她们内心的空隙，从而引出寄居其中的游魂。第二季中，桂马迎来五位新的攻略目标：内向的图书委员长汐宫栞、充满活力的田径部成员春日楠、天真烂漫的偶像中川加侬、神秘的小学生九条月夜，以及与他青梅竹马且拥有强大灵力的艾露西的姐姐——白娅。每位角色的内心世界都充满复杂的情感缺口，桂马必须化身不同性格的“攻略者”，以游戏思维应对现实中的突发事件，过程既爆笑又感人。与此同时，桂马与地狱使者艾露西的合作日益默契，但来自地狱的更多威胁与谜团也随之而来。他不仅要在有限时间内完成攻略，还要面对自己内心对“恋爱”这一概念的重新认知。本季在保持轻松搞笑风格的同时，也深化了角色之间的羁绊，为后续剧情埋下重要伏笔。